Alles klar, das die Kamera sich nicht von selbst abschaltet ist schon mal sehr gut.
Das was Du da beschreibst sind halt die Effekte wenn quasi zwei verschiedene Programme (Canon OS und CHDK) in den gleichen Displayspeicher schreiben, aber nichts voneinander wissen und sich damit schon mal gegenseitig "übermalen". In dem Fall einfach noch mal ne Taste drücken, z.B. Pfeil hoch oder so, dann müsste das CHDK Menu wieder erscheinen, es beendet sich nämlich nicht (Kamera ist nach wie vor im ALT Modus), das Menu wurde nur vom Canon Menu übermalt. Das ist prinzipbedingt und kein Fehler, CHDK ist halt "nur" ein Hack und kein sauber integriertes System. Wie auch ohne die Canon Sourcen...
In der jetzigen Version dürfte das besonder häufig passieren, gerade wenn Du das Jogdial und nicht die Cursortasten zum navigieren im Menu verwendest. Diese Eingaben gehen momentan nämlich ans CHDK und an das Canon Menu und beide reagieren gleichzeitig auf die Eingabe um malen im Display rum, das kann nicht hübsch ausschauen.
Jetzt versuch ich mal was ganz optimistisches, ich habe jetzt mal die deaktivierten Hooktasks wieder mit reingenommen. Entweder geht jetzt damit alles, oder die Kamera schaltet sich wieder ab bzw. startet erst gar nicht. In dem Fall muss dann halt wieder Schrittweise vorgegangen werden und es gibt noch ein paar Builds.